MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis Sweden2

Total Repeats: 22983

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017441	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386262358
2	NC_017441	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	386262358
3	NC_017441	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386262358
4	NC_017441	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
5	NC_017441	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
6	NC_017441	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	386262358
7	NC_017441	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262358
8	NC_017441	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386262358
9	NC_017441	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
10	NC_017441	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386262358
11	NC_017441	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262358
12	NC_017441	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	386262358
13	NC_017441	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	386262358
14	NC_017441	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386262358
15	NC_017441	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386262358
16	NC_017441	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386262358
17	NC_017441	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262358
18	NC_017441	TC	3	6	825	830	0 %	50 %	0 %	50 %	386262358
19	NC_017441	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386262358
20	NC_017441	AG	3	6	847	852	50 %	0 %	50 %	0 %	386262358
21	NC_017441	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262358
22	NC_017441	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262358
23	NC_017441	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262358
24	NC_017441	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386262358
25	NC_017441	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	386262358
26	NC_017441	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386262358
27	NC_017441	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386262358
28	NC_017441	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
29	NC_017441	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
30	NC_017441	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	386262358
31	NC_017441	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
32	NC_017441	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	386262358
33	NC_017441	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
34	NC_017441	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386262358
35	NC_017441	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386262358
36	NC_017441	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262358
37	NC_017441	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
38	NC_017441	A	6	6	1803	1808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017441	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017441	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017441	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017441	T	7	7	1847	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017441	A	6	6	1858	1863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017441	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017441	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262359
46	NC_017441	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386262359
47	NC_017441	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386262359
48	NC_017441	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262359
49	NC_017441	ATG	2	6	1978	1983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262359
50	NC_017441	T	6	6	1984	1989	0 %	100 %	0 %	0 %	386262359
51	NC_017441	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262359
52	NC_017441	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262359
53	NC_017441	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386262359
54	NC_017441	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386262359
55	NC_017441	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	386262359
56	NC_017441	AAC	2	6	2149	2154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386262359
57	NC_017441	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262359
58	NC_017441	T	6	6	2239	2244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017441	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017441	T	7	7	2261	2267	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017441	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017441	A	6	6	2333	2338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017441	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262360
64	NC_017441	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386262360
65	NC_017441	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386262360
66	NC_017441	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	386262360
67	NC_017441	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	386262360
68	NC_017441	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386262360
69	NC_017441	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262360
70	NC_017441	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262360
71	NC_017441	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386262360
72	NC_017441	AG	3	6	2753	2758	50 %	0 %	50 %	0 %	386262361
73	NC_017441	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386262361
74	NC_017441	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	386262361
75	NC_017441	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386262361
76	NC_017441	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386262361
77	NC_017441	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386262361
78	NC_017441	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386262361
79	NC_017441	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386262361
80	NC_017441	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262361
81	NC_017441	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386262361
82	NC_017441	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262361
83	NC_017441	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386262361
84	NC_017441	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386262361
85	NC_017441	GA	3	6	3421	3426	50 %	0 %	50 %	0 %	386262361
86	NC_017441	T	6	6	3428	3433	0 %	100 %	0 %	0 %	386262361
87	NC_017441	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262361
88	NC_017441	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386262361
89	NC_017441	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386262361
90	NC_017441	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	386262361
91	NC_017441	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262361
92	NC_017441	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262361
93	NC_017441	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262361
94	NC_017441	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386262361
95	NC_017441	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	386262361
96	NC_017441	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	386262361
97	NC_017441	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262361
98	NC_017441	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262361
99	NC_017441	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386262361
100	NC_017441	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386262361
101	NC_017441	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	386262362
102	NC_017441	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386262362
103	NC_017441	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262362
104	NC_017441	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	386262362
105	NC_017441	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262362
106	NC_017441	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	386262362
107	NC_017441	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262362
108	NC_017441	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	386262362
109	NC_017441	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262362
110	NC_017441	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386262362
111	NC_017441	A	7	7	4928	4934	100 %	0 %	0 %	0 %	386262362
112	NC_017441	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386262362
113	NC_017441	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	386262362
114	NC_017441	A	7	7	4974	4980	100 %	0 %	0 %	0 %	386262362
115	NC_017441	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262362
116	NC_017441	AT	3	6	5114	5119	50 %	50 %	0 %	0 %	386262362
117	NC_017441	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	386262362
118	NC_017441	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386262362
119	NC_017441	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386262362
120	NC_017441	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386262362
121	NC_017441	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262362
122	NC_017441	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386262362
123	NC_017441	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	386262362
124	NC_017441	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386262362
125	NC_017441	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386262362
126	NC_017441	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	386262362
127	NC_017441	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386262362
128	NC_017441	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262362
129	NC_017441	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017441	A	6	6	5666	5671	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017441	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017441	ATT	2	6	5749	5754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386262363
133	NC_017441	TCT	2	6	5767	5772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386262363
134	NC_017441	GCT	2	6	5813	5818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386262363
135	NC_017441	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	386262363
136	NC_017441	GAT	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262363
137	NC_017441	TC	3	6	5864	5869	0 %	50 %	0 %	50 %	386262363
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267	NC_017441	TAG	2	6	11792	11797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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269	NC_017441	CTT	2	6	11842	11847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
270	NC_017441	TA	3	6	11848	11853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_017441	T	6	6	11899	11904	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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400	NC_017441	GA	3	6	18118	18123	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
401	NC_017441	GTT	2	6	18220	18225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
402	NC_017441	GA	3	6	18362	18367	50 %	0 %	50 %	0 %	386262373
403	NC_017441	TTG	2	6	18398	18403	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386262373
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